Посебни протокол за заштиту деце и ученика од насиља, злостављања и занемаривања у образовно-васпитним установама разрађује интерни поступак у ситуацијама сумње или дешавања насиља, злостављања и занемаривања, али пружа и добар оквир за превентивни рад.

Многе активности које Посебни протокол предлаже (квизови, спортска такмичења, уметничке активности, ученичке новине, ђачки парламент...) се већ годинама континуирано одвијају у Дому, што превентивно утиче на појаву физичких сукоба и конфликата. С друге стране, Педагошко веће, на свако сазнање о постојању насиља, доследно предузима адекватне мере што вероватно утиче на позитивну другарску атмосферу у Дому.

Истраживања која су рађена на ученицима Дома су довела до закључка да је степен физичког насиља међу ученицима на ниском нивоу, али да би требало додатно да се ради на смањењу вербалног насиља међу ученицима и развијању ненасилног решавања сукоба. У том циљу је од школске 2009/2010. у Дому формиран Тим за вршњачку медијацију.

У школској 2010/2011. године је Тим за заштиту ученика од насиља, злостављања и занемаривања у Дому ученика Средње ПТТ школе наставио са радом у нешто измењеном саставу. Од ове школске године је координатор тима васпитач Павле Јовановић, академски сликар. Годишњи план рада тима је направљен, у складу са Протоколом, досадашњим искуством из домског живота и проценом о потребама ученика и запослених у Дому.